离子交换树脂在连续进行吸附交换，以及多次循环操作中，其本身也为水中各种杂质所污染；
(1)无机物污染：
阳离子交换树脂用盐酸再生时，银、铅等化合物会积累于树脂颗粒内部；当用硫酸再生时，钙、钡等化合物会积聚于树脂颗粒内部而造成树脂微孔阻塞。铁离子对阴阳树脂都有污染。
(2)有机物污染
阴阳树脂都会受到有机物污染。引起阳树脂污染的有油脂、含氮化合物、调节PH时用的有机胺类、微生物细菌等。引起阴树脂污染的物质有油脂、木质碳酸和腐植酸等高分子有机阴离子以及有机铁、微生物、细菌和阳树脂降解后溶出的高分子酸类等。
有机物是高分子有机阴离子，分子量很大，一般凝胶型树脂孔径较小，很容易被大分子的有机物堵住孔隙而使其交换容量下降。尤其是强碱阴树脂，非常容易受有机物污染。
有机物对离子交换树脂的污染与其含量及有机物的组成有关。有机物含量大的、高分子的易污染。树脂的结构对污染程度也有很大影响。
(3)硅酸根污染：
强碱阴离子交换树脂失效后，不及时还原而长期停放或阴离子交换树脂不能彻底还原均可造成硅酸根污染。胶体硅一般不被凝胶型树脂交换，但还有一部分被吸附。因此也会使阴树脂污染。
(4)树脂的氧化：
对于自来水为水源的电厂除盐系统树脂易受活性氯氧化。树脂氧化后，其外观色淡，透明度增加，体积增大，阻力增大，体积交换容量降低。