生物肥料主要有：溶磷菌剂、光合菌剂、固氮菌肥、磷菌剂、菌根菌肥、钾菌剂、根瘤菌肥、磷化菌肥、硅酸盐细菌肥料、复合微生物肥料。
溶磷菌剂
溶磷菌种具有繁殖快速、生命力强、等特点；分泌合成多种有机酸、酶、生理活性物质等。
光合菌剂
农派光合菌剂的作用植物的生长，离不开光合作用，而光合细菌菌种，就是一种可以进行光合作用的微生物，具有高营养、高效能、多用途等特点。
固氮菌肥
分离土壤中的固氮细菌制成的细菌肥料。
磷菌剂
一般可分两种：一种是有机磷，借助于生命活动中产生的酶，使难以利用的有机磷转化成能为植物利用的形态；另一种是无机磷，通过它产生的酸，加强土壤中难溶性磷酸盐的溶解，可作基肥或与固氮菌剂、抗生菌剂混合施用。
菌根菌肥
是真菌类，寄生在苗木的根上，形成菌丝套，包围苗木的细根。
钾菌剂
小麦、玉米、蔬菜等作物都能施用钾菌剂，它的应用范围较广，用作基肥，每平方米25千克；用于拌种，每平方米5千克，拌和干细土调成稀糊状拌种；用作追肥，将菌肥20千克拌和猪粪千克，条施或穴施于播种沟内，施后应立即覆土，保持阴暗湿润状态，结合其他栽培措施，如及时排灌、中耕松土等。
根瘤菌肥
是根瘤菌经过培养制成的细菌肥料。
磷化菌肥
是用磷化菌制成的细菌肥料。
硅酸盐细菌肥料
硅酸盐细菌肥料的应用基础在耕作层的土壤中含有大量的钾，其含量远远高于其它元素。
复合微生物肥料
复合微生物肥料是指特定微生物与营养物质复合而成，能提供、保持或改善植物营养，提高农产品产量或改善农产品品质的活体微生物制品。